荧光肽置换技术在小分子筛选中的新应用

近年来,我们对RNA的理解已经超越了基因信息的载体。现代的RNA观点包含了多种分子,在调节许多重要的生物过程中起着核心作用,包括各种癌症和非肿瘤性疾病的进展。

在她最近的OBC出版物杜克大学的阿曼达·哈格罗夫教授创建了一个常规,利用荧光指示剂置换法(FID)鉴定不同RNA蛋白的小分子抑制剂的高通量筛选技术。

小分子RNA抑制剂具有增强吸收、促进细胞凋亡、促进细胞凋亡等优点。分布,与反义技术中常用的寡核苷酸相比,口服生物利用度更高。荧光分析是广泛应用的技术,用于筛选小分子库,然而,荧光标记的结合会导致RNA自身结构的改变,并常常带来合成挑战。FID,另一方面,是一种“无标签”的方法,在寡核苷酸存在或不存在的情况下,指示剂显示不同的荧光性质。

哈格罗夫集团实施了TAT-FID分析,以便同时筛选出针对多个RNA目标的小分子库。这为测定结合亲和力和评价特异性提供了一种有效的手段。TAT-FID分析需要TAT肽结构,在N端用F_rster共振增强转移(FRET)对-A 5-羧基氟烷(FAM)标记,在C端用5-羧基四甲基罗丹明(TAMRA)标记(见图)。当肽与RNA结合时,荧光团之间的距离允许FAM的激发和TAMRA的发射检测。TAT肽的位移导致荧光信号的猝灭,可以用来量化结合亲和力。

一个由30个小分子(包括已知的RNA结合小分子)组成的文库被筛选出4个精选的RNA结构。该分析成功地鉴定了所有四个RNA分子的命中率,并鉴定了单个小分子的不加区别的结合。结合结果与已知文献结果相关,统计分析用于阐明小分子结构/RNA之间基于其结合亲和力和选择性的关系。

和荧光分析一样,TAT-FID分析具有固有的局限性。然而,由于操作简单,它被证明是一种强大的高吞吐量技术,配体和靶的低浓度要求,以及快速评估小分子/RNA结合相互作用的能力。

要了解更多信息,请参阅:

荧光肽置换作为筛选小分子库抗RNA的通用方法
尼拉吉Patwardhan
多伊:10.1039/C8OB02467克


维多利亚无胸衣最近完成了博士学位。在有机化学方面与教授新利手机客户端多伦多大学的安德烈·尤丁。她的研究集中在合成动势两性构建基块上,这为化学选择性转化的发展提供了一个多用途的平台,特别强调创造新的生物活性分子。新利手机客户端

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