Chemspider搜索的最新改进(第2部分)

最后一次我们告诉过你我们在最近的网站更新中对Chemspider进行了一些改进,包括结合子结构和性质的搜索和分子式范围的搜索。如许,这一次我们将介绍如何通过熔点或外观等属性进行搜索。

通过补充信息搜索

到现在为止,虽然您可以在记录中查看属性,无法通过熔点进行搜索,折射率,外观或生物活性。此更新已实现新建搜索界面它允许您搜索此数据。现在你可以找到从酵母中分离出来的化合物,或熔点为32-35°C的化合物。

我们的辅助搜索界面有两个主要部分。

文本属性搜索

文本属性包括外观,化学课,药物状态,或安全数据。您可以使用关键字搜索这些属性中的任何一个。当你开始打字时,将出现一些建议的搜索词,这可以帮助您缩小要使用的搜索词的范围。

您也可以通过输入来使用通配符*,这可以让你在搜索词中有一点灵活性——所以如果你的未知是蓝色的,水晶材料搜索“蓝色水晶*”将显示所有提到“蓝色”一词的记录,以及任何以“水晶”开头的词(如水晶或水晶)。

数字属性搜索

数值性质包括物理性质,如实验或预测沸点,光学旋转,或Logp。因为我们从各种数据源中提取数据,并非所有这些信息都以相同的格式发送给我们,或者以相同的方式发送给我们。为了使您能够搜索我们数据库中的所有属性,无论它是如何提供给我们的,我们在整理和标准化这些数据方面做了很多背景工作。

可以使用最小/最大值或+/-范围和搜索词可以用不同的单位输入-例如。华氏的摄氏度对于温度,或PSI毫米汞柱为了压力。因为物质的沸点取决于测量时的压力,而不是所有的沸点都是在大气压下测量的,所以我们创造了一个特性,试图补偿这个特性。它使用克劳修斯-克拉珀龙方程为了创建用于搜索的估计(标准化)沸点,查看结果时请记住这一点。

正如你所看到的,你可以研究各种各样的实验性质,包括沸点,LogP熔点,比重和溶解度。请注意尽管许多较常见的化合物具有一些性质,这些属性仅在我们记录的一个子集上可用,因此如果在属性搜索中没有得到结果,可能是我们还没有添加这些信息。

希望这能让你更好地了解我们对Chemspider搜索所做的改进,以及这些新功能如何比以往任何时候都更容易找到您要查找的内容。请参阅下面的文章了解一个案例研究,其中展示了这些文章中涉及的几个新功能。

Chemspider搜索的最新改进(第1部分)

我们最近发布了一个Chemspider网站的更新,除了修复一些错误之外,添加了一些有用的新功能。这篇文章中突出显示了其中的三个特性——一个您可能已经注意到的特性,还有两个你可能还没有发现。

自动完成

我们已经恢复了自动完成Chemspider主页上的功能。现在,当您开始在搜索框中键入时,Chemspider根据您输入的内容提出建议。这使得找到你要找的东西比以往任何时候都容易——即使你不太确定如何拼写。

在Chemspider主页上自动完成

组合结构/属性搜索

人们经常问是否有一种方法可以同时搜索子结构和其他性质,如分子量或分子式。现在,这个更新使得从我们改进的高级搜索页.

例如。如果你有兴趣找到与安定结构相似的化合物,你可以进入苯二氮卓的亚结构,并将其限制在分子量为275-325的化合物中。


然后此搜索返回安定以及其他类似的药物氯硝西泮硝西泮劳拉西泮.

有许多其他搜索选项可以与子结构/相似性搜索结合使用,因此请查看高级搜索页玩一玩。

分子式范围搜索

你也可以一次搜索一系列分子式。要指定给定元素的范围,将范围放在元素后面的括号中。例如。C7H(10-12)O(0-1)会使所有含有7个碳和10到12个氢的化合物返回,这些氢可能含有氧,也可能不含有氧。这种类型的搜索可以从简单搜索页作为一部分高级搜索或者从Chemspider主页.

最棒的是它可以与高级搜索包括子结构搜索的页面。例如,如果你想找到含有至少三个氯的多氯联苯,你可以用分子式C12H(0-7)cl(3-10)对一个联苯进行亚结构搜索。


在下一篇文章中,我们将介绍一些新的方法,您可以按存储在我们的记录中的属性进行搜索,例如熔点,密度,等。

飞机上的六边形

科林·巴奇勒著。

我将在7月6日的谢菲尔德化学信息联合会议上发言。一般分子结构,特别是糖的验证和标准化.这是个品尝师。

尤其是糖

化学结构算法的一个大问题是它们不能,一般来说,处理化学家习惯于提取糖分子的方法。他们会失去糖环周围的立体化学,新利手机客户端D-葡萄糖塌陷,说,关于L-葡萄糖,更不用说allose了,阿尔特罗斯古洛泽和其他人。

(化学绘图,我应该注意到,能正确解读椅子音响,但这在很大程度上是一个例外。)

确定椅子原子正确立体化学的第一步是识别椅子六边形。新利手机客户端这就是这篇文章的主题。

你曾经和卫星导航系统在同一辆车上吗(美国读者:这和GPS一样)?而人类航海家会给出一般性的指示,比如“直接穿过所有的环岛,直到我们到达红狮”。卫星导航系统只能迈出一步,本地说明。“在环形交叉路口,走第三个出口。“100米之内,左转,“机器结构感知是这样的。而不是一瞬间就明白六边形是一把椅子或一艘像你或我一样的船,该算法需要一个接一个地绕过结构。债券担保。

识别我们要处理的六边形的诀窍是看,在每个原子上,我们向左或向右拐。如果我们一直朝同一个方向转,然后我们有一个规则的六边形。如果我们朝一个方向转一圈,然后两次在另一个,然后第一次,然后两次在另一个,然后我们有一把椅子。你还可以画六种六边形,它们都被描绘在下面相应的转弯序列旁边。

有些人很熟悉,像小船一样,捻船还有信封。其他的,少一些。

六边形
当我们确定了椅子上的原子后会发生什么?我很快会更详细地讲,但与此同时,这里是在新奥尔良召开的ACS春季会议的幻灯片:

楔子,哈希斯和格里斯的一个旁白

科林·巴奇勒著。

不(这不是关于碳水化合物的帖子,尽管标题是!)

不可靠的立体化学是一个长新利手机客户端期存在的问题。即使有人知道一个特定分子中的所有立体中心,他们可能不一定以机器的方式画出它们,甚至一个人,可以解释。关于键的尖端或钝端是否表示立体中心,有一些规则,令人惊讶的是,你经常看到他们做错事。

今天我将讨论一个关于绘制立体中心的IUPAC建议,乍一看可能会让人惊讶,在给定的立体中心只能有一个立体键的规则。如果你有一个楔形键连在一个原子上,不能将哈希键附加到同一个原子上。和反之亦然.

为什么会这样?

你可能认为当你提供更多信息时,您正在使图表更容易解释。然而,你直接违背了正常的沟通原则。你的信息量比要求的要多,这会给读者敲响警钟。你想说什么?如果你问过路人时间,他们会说“好吧,现在是格林威治标准时间六点半,“你有权想知道为什么他们在引用时区。也许他们想搞笑。

保罗·格里斯在20世纪70年代考虑了整个问题,提出了一套四项原则,总结在格言中,听者(或读者)假设说话者在听。他们是:

  • 说实话。不要说你认为是假的。不要说你缺乏充分证据的话。

让我们希望这一点隐含在任何化学绘图中!

  • 按要求提供信息。不要让您的贡献比要求提供的信息更多。

如果一个原子上有两个甲基,不要做一根小草和一根大麻。您没有添加新信息!

除非你的目标受众是小学生,否则不要用字母C来标记碳。

  • 相关:

大尺度上:不要用任何老分子来说明文章,确保所提到的分子确实是相关的。

在绘图本身的比例上,但是:如果你有三个普通p原子的键,例如,确保它们彼此处于120度角。例如,如果其中两个是直角的,读者会推断出一些奇怪的事情正在发生。

  • 清楚:

确保你所有的双键实际上看起来像双键,而不是一个平行于另一个单键的单键。我怀疑Chemdraw的成功很大程度上取决于它产生的吸引力,清除化学图纸。

人们有没有故意藐视这些格言?

噢,是的。人们总是在试图搞笑时轻视格言,或者在政治采访中。同样,在专利中你看到的化学图纸中也有各种各样的格里森违例行为:不完全延伸到原子的键,R组标记为Y(特别危险,因为Y是钇!)或者是Q或W(也叫钨)或者其他一些不寻常的字母等等。确切地说,为什么在专利中比在期刊文章中更频繁地发生这种情况,留给读者作为练习。

把糖放在透视图上

科林·巴奇勒著。

你可能不这么认为,但是你很擅长于画一幅二维的图,并把它转换成三维的形状。不,真正地,你是。

透视半乳糖

图1。透视半乳糖

以图中的Galatose图为例。1。即使你不是化学家,你可以分辨出戒指的哪一部分在前面和后面,哪个键指向上,哪个键指向下。如果你真的是个化学家,你已经被训练运用这种几何直觉来计算五个立体中心中的每一个都发生了什么。

然而,如果你问英奇算法关于这个分子的立体化学,新利手机客户端它会说,那里没有立体化学,你在看一个无立体的描述,哪个原子与哪个原新利手机客户端子相连。因为我们用inchi算法来说明两个记录是否描述同一个分子,这让我们陷入困境,在Chemspider中有成千上万的条目来自这样一幅图画,因此缺乏立体化学。新利手机客户端

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