Chemspider博客 //www.xcmww.com/chemspider 周五,2018年11月30日09:05:55+0000 恩努斯 每小时 1个 https://wordpress.org/?V= 4.9 化学验证与标准化平台(CVSP) //www.xcmww.com/chemspider/2018/11/30/chemical-validation-and-standardization-platform-cvsp/ 周五,2018年11月30日09:05:02+0000 马克·阿奇博尔德 新闻 //www.xcmww.com/chemspider/?P=127 化学验证和标准化平台(CVSP)1是在开放式PHACTS IMI项目2期间开发的,通过测试验证和标准化协议处理化学结构文件。其目的是为社区提供对其化学结构文件的严格分析,以确保通过在线数据库发布到公共领域的数据得到预先验证。[…] <p>化学验证和标准化平台(cvsp)<a href=“footnotes”><sup>1<sup><a>was developed during the open phacts imi project<a href=“footnotes”><sup>2<sup><a>to process chemical structure files through tested validation and standardization protocols.其目的是为社区提供对其化学结构文件的严格分析,以确保通过在线数据库发布到公共领域的数据得到预先验证。在线cvsp站点提供了一种有用的方法来测试规则集,并允许用户验证其结构文件,但这家独立网站于2018年11月下线。作为遗产,代码库和规则集已经发展并应用于deposit.chemspider.com的chemspider沉积系统,并且社区讨论围绕适当的化学结构文件标准化继续。Github也提供了原始代码。<a href=“footnotes”><sup>4</sup><a><ol id=“footnotes”><li>The Chemical Validation and Standardization Platform(CVSP):large-scale automaticated validation of Chemical Structure datasets,J.化学法。<em>,2015年,<strong>7<strong>:30,http://doi.org/10.1186/S13321-015-0072-8“>https://doi.org/10.1186/S13321-015-0072-8“>https://doi.org/10.1186/S13321-015-0072-8</a><li><li><li>><a a href http://www.opopenphaCTs.org“>http://www.opopenphaCTs.org“http http://www.opopopenphaCTs.org“http http://www.openphaCTs.www.www.www.opwww.opwww www.openphaCTs.www www www www.openphaCTs.www www www www www www.openphaCTs.www www www www.openphaCTs.org www.master/cvsp“>https://github.com/openphacts/ops-crs/tree/master/cvsp</a>>=<li>> Chemspider预沉积过滤器 //www.xcmww.com/chemspider/2018/09/18/chemspider-pre-deposition-filters/ 星期二,2018年9月18日11:04:50+0000 苏珊·理查德森 幕后 化学信息学 数据质量 //www.xcmww.com/chemspider/?P=69 作者:马克·阿奇博尔德。在之前的一篇文章(Chemspider的幕后)中,我们讨论了在世界上最大的化学数据库中维护数据质量的一些挑战。当处理的记录远远超过人类可以合理处理的数量时,我们将自动过滤确定为一个关键工具。在这个[…] <p>由Mark Archibald撰写。<p><p>在上一篇文章(<a href=“//www.xcmww.com/chemspider/2018/06/26/behind-the-scenes-at-chemspider/”target=“ou blank”rel=“noopener”>behind-the-scenes-at-chemspider/)中,我们讨论了在维护世界上最大的化学数据库之一的数据质量方面的一些挑战。当处理的记录远远超过人类可以合理处理的数量时,我们将自动过滤确定为一个关键工具。在这篇文章中,我们将详细介绍过滤的工作原理,挑战是什么,以及人为干预所起的作用。<p>要执行此过滤,我们使用knime,一个开源的数据处理平台。由活跃的化学信息学团体开发的广泛的knime节点允许我们对我们处理的数据提出化学方面的具体问题。新利手机客户端简单来说,输入符合我们标准的化学结构传递到下一个节点,而那些没有写入错误文件的。处理完所有结构后,其结果是成功通过所有过滤器的结构文件和由于各种原因而被拒绝的结构的多个(通常较小)文件。<p><p><a href=“//www.xcmww.com/chemspider/files/2018/09/behindthescenes_Workflow.png”><img class=“wp-image-15 size full AlignCenter”src=“//www.xcmww.com/chemspider/files/2018/09/Behindthessens_workflow.png“alt=”结构被过滤。检查标记结构,并将通过的结构添加到chemspider中。“width=”512“height=”197“srcset=”//www.xcmww.com/chemspider/files/2018/09/behindthessens_workflow.png 1024w,//www.xcmww.com/chemspider/files/2018/09/behindthessenes_Workflow-300x115.png 300w,//www.xcmww.com/chemspider/files/2018/09/behindthessenes_Workflow-768x295.png 768w“size=”(最大宽度:512px)100vw,512px“/>.<a>.<p><p>It's not possible to review all of the generated files in full,因为这将消除自动化处理的省时优势。然而,对所有类型的输出文件进行抽样检查,以确保准确性,并迭代地改进过滤条件。某些输出文件具有很高的误报可能性,因此我们会对其进行全面审查。<p><h2>格式和标识符</h2><p>提交的文件可以是几种不同格式中的一种。最常见的是sdf(<a href=“https://en.wikipedia.org/wiki/chemical_table_file sdf“>structure data file.<a>,一种化学结构格式,包含具有相关数据字段的多个结构。这种格式的优点是它包含2维或3维结构,因此,我们可以立即开始处理文件,而不必将标识符转换为结构。这意味着我们存放的最终结构更有可能与原始结构完全匹配。SDF格式的缺点是它是专门化的–许多用户将不熟悉它,或者没有软件来创建和显示文件。<p>We also receive different spreadsheet formats(excel,猪瘟病毒tsv)使用以文本为基础的符号系统编码的结构,如<a href=“https://en.wikipedia.org/wiki/Simplified_Molecular-input_Line-entry_system”target=“_blank”rel=“noopener”>smiles<a>或<a href=“https://en.wikipedia.org/wiki/International_Chemical_Identifier”target=“_blank”rel=“noopener”>inchi<a>这种格式的优势是tha它不需要专门的软件(前提是提交者对化合物有微笑或英寸),缺点是结构需要在处理和沉积到Chemspider之前转换成SDF。此外,这些格式包含有关原子及其连接性的信息,但缺少布局信息。这可能会导致错误,因为不同的结构绘图包可以稍微不同地解析这些结构,导致最终沉积结构的改变。<p><h2>过滤标准。<h2><p>根据我们的经验和化学知识,我们判断化学结构的标准是确定的化学规则和不太明确的“经验规则”的混合物。以下两个示例。<p><h3>Empty structures,查询原子和不正确的价</h3><p>The first filter is the simpest–chemspider is a structure centric database,因此,不可能存放任何缺少结构的输入项。<p>同样,每个Chemspider记录都需要一个单独定义的化学结构,因此,我们排除使用查询原子来表示变量原子或附着点的任何内容。<p><p>另一个简单的过滤器是排除原子具有无效价的结构。<p><h3>Charge unbalancy</h3><p>in general,Chemspider中的条目应代表真实世界,可隔离化合物。这意味着我们过滤掉总电荷为非零的结构。然而,对于某些反离子一般不重要的例子,我们也有例外,只考虑带电粒子是有用的,例如胆碱(<a href=“http://www.chemspider.com/chemical structure.299.html”>chemspider record<a>)。然而,如下图所示的结构(胆固醇没有任何固定的立体中心)经常出现,并且,虽然化学上有效,它们极不可能代表预期的结构。<p><div id=“attachment_71”style=“width:310px”class=“wp caption aligncenter”><a href=“//www.xcmww.com/chemspider/files/2018/09/filters_胆固醇.png”><img class=“wp-image-71 size medium”src=“//www.xcmww.com/chemspider/files/2018/09/filters_胆固醇-300x215.png”alt=“cholesterol skeleton with no defined stereochemistry”width=“300”height=“215”srcset=“//www.xcmww.com/chemspider/fi新利手机客户端les/2018/09/filters_C-300x215.png 300W,//www.xcmww.com/chemspider/files/2018/09/filters_胆固醇-768x549.png 768w,//www.xcmww.com/chemspider/files/2018/09/filters_胆固醇-1024x732.png 1024w,//www.xcmww.com/chemspider/files/2018/09/filters_胆固醇.png 1137w“尺寸=”(最大宽度:300px)100vw,300px“/><a><p class=“wp caption text”>costerole skeleton without stereochem新利手机客户端istry<p><p>as a result we have a rule of thumb that excludes structures containing more than two undefined stereocenters.这不是一个硬性和快速的规则,但是,试图在排除上述结构和包括有意且正确的未定义立体中心的结构之间取得平衡。<p>The count of undefined stereocenters(as determined by examinating the inchi)times includes cases where it is conventional to exclude stereochemical楔子.例如,没有明确立体化学的磷酸基和金刚烷基上没有楔形物的核酸——用楔形物来提取这些化合物是不常见的,新利手机客户端而且用户在搜索中很少使用楔子。这些潜在的误报将被过滤掉并手动审查。然后馆长可以决定是否将它们包括在证词中,提高过滤器的整体准确度。<p><h3>包含许多组分的结构。<h3><p>这是另一个经验法则–没有关于多个单独组分的上限A正确描述的化学物质可以拥有。然而,根据经验,我们发现,排除具有四个以上独立组件的结构会删除最明显的无意义条目(例如<em>.<em><a href=“http://www.chemspider.com/chemical structure.4892392.html”>attempts to describe alloys</a>)while retaining the majority of correct entries.<p>when applying this rule,药物分子是假阳性物质的主要来源,因为它们通常是多种水合物和/或具有多种反离子的盐(例如<a href=“http://www.chemspider.com/chemical structure.54824.html”>iridotecan hydrogent trihydrate</a>)。排除的结构是水合物或含有普通药用盐,标记为供人审查。<p><h3>symony filter<h3><p>This filter将分配给给定结构的同义词与其分子式进行比较,并执行一些“常识”检查。例如,一个相对常见的错误是将盐形式的名称(例如,<a href=“http://www.chemspider.com/chemical-structure.552180.html”target=“兘blank”rel=“noopener”>mozavaptan hydrometic<a>)与游离碱的结构(<a href=“http://www.chemspider.com/chemical-structure.106618.html”target=“兘blank”rel=“noopener”>mozavaptan关联起来。<A/>在这种情况下,由于分子式不包含cl.<p><h3>smarts.<h3><p>smarts(<a href=“https://en.wikipedia.org/wiki/smiles_anythic_target_specification”>wikipedia page.<a>)是描述一般化学结构的一种方法,因此过滤器删除了包含“hydro酸盐”的同义词。这是基于微笑,但是它还有一些附加功能,可以指定不同的链长,债券数量,氢的数量,可变债券订单,或者在一个站点上有多个潜在元素。<p><p>我们使用Smarts来识别结构中常见的错误功能。这些包括:<p><ul><li>azides and diazo groups described with a五价氮</li><li>a'floating'烷烃unconnected to the main structure(may caused by an incidentific click in a drawing program)<li><li>metal carbolates described as a protocated carbolic acid with an element metal atom.<li><li>hexafluophosphates(and similar种)描述为五氟化磷和单独的氟离子</li><ul><h3>smirks<h3><p>smirks is a further extension of smiles to describe reactions.我们不会用它来代表真实的反应,但是要定义结构转换–允许我们修复可以通过断开和创建绑定来解决的简单结构错误。<p><p>One example is connecting charge separated grignard试剂to give a more accurate description:<p><div id=“attachment_73”style=“width:460px”class=“wp caption aligncenter”><a href=“//www.xcmww.com/chemspider/files/2018/09/filters-grignard.png“><img class=“wp-image-73 size large”src=“//www.xcmww.com/chemspider/files/2018/09/filters-grignard-1024x112.png”alt=“重新连接断开的grignard试剂”width=“450”height=“49”srcsset=“//www.xcmww.com/chemspider/files/2018/09/filters-1024x112.png 1024w,//www.xcmww.com/chemspider/files/2018/09/filters_grignard-300x33.png 300w,//www.xcmww.com/chemspider/files/2018/09/filters_grignard-768x84.png 768w,//www.xcmww.com/chemspider/files/2018/09/filters_grignard.png 1122w“size=”(最大宽度:450px)100vw,450px“/><a><p class=“wp caption text”>Reconnecting grignards<p><div><h3>OrganizationMetrolics<h3><p>The difficultures of encoding OrganizationMetrolicl structures in machine-readable formats are well documented(<a href=“http://doi.org/10.1021/ci200488k”>j.化学。信息模型。51,12,3149-3157</a>)。有一个正在进行的IUPAC项目要<a href=“https://iupac.org/projects/project-details/?项目_nr=2009-040-2-800“>扩展inchi的功能但是现在,挑战仍然存在。<p>Every Chemspider record is based on an inchi,因此,我们受到了当前的限制。这意味着我们不能用非整数阶来描述配位键或键——所画的任何键都被解释为标准共价键,每个原子贡献一个电子。<p>虽然我们通常不能用人类化学家更喜欢的方式来表示有机金属结构,我们仍然试图从各种可能的妥协中选择“最小错误”的结构。<p><p>二茂铁是这个问题的经典例子,说明了我们必须考虑的几个问题。下面显示了几种常用的绘制二茂铁的方法(还有更多方法)。<p><div id=“attachment_”style=“width:460px”class=“wp caption aligncenter”><a href=“//www.xcmww.com/chemspider/files/2018/09/filters_forrocene.png”><img class=“wp-image-74 size large”src=“//www.xcmww.com/chemspider/files/2018/09/filters_forrocene-1024x651.png“alt=”二茂铁的常见描述在转换为MOL文件时会丢失粘合信息“width=”450“height=”286“srcset=”//www.xcmww.com/chemspider/files/2018/09/filters_ferrocene-1024x651.png 1024w,//www.xcmww.com/chemspider/files/2018/09/filters_ferrocene-300x191.png 300w,//www.xcmww.com/chemspider/files/2018/09/filters_ferrocene-768x489.png 768w“size=”(最大宽度:450px)100vw,450px“/><a><p class=“wp caption text”>Converting ferrocene structures to mol format can introduce errors in molecular formula,Bond order s or valeege(键序或价)大多数所示结构都利用了化学绘图包的扩展功能,以表示二茂铁的键合,这对人体化学家来说是有吸引力且容易理解的。不幸的是,一旦转换为简化但通用的MOL格式,有些功能丢失了,导致无意义的结构。虽然结构d不变,这种表示还有其他问题:铁的化合价不正确,并且没有环戊二烯配体的芳香性表示。<p>We have a limited number of way in which we can describe ferrocene and related structures in chemspider,它们都不能准确地表示键合,也不能满足无机化学家的观点。然而,我们可以选择可能的折衷方案中的“最差”并允许机器可读性:<p><div id=“attachment_72”style=“width:210px”class=“wp caption alignleft”><a href=“//www.xcmww.com/chemspider/files/2018/09/filters_ferrocene_preferred.png”><img class=“wp-image-72 size medium”src=“//www.xcmww.com/chemspider/files/2018/09/filters撘ferrocene_preferred-300x300.png“alt=”fe2+and(c5h5-)2“width=”200“height=”200“srcset=”//www.xcmww.com/chemspider/files/2018/09/filters撘ferrocene_preferred-300x300.png 300w,//www.xcmww.com/chemspider/files/2018/09/filters_ferrocene_preferred-150x150.png 150w,//www.xcmww.com/chemspider/files/2018/09/filters_ferrocene_preferred.png 500w“size=”(最大宽度:200px)100vw,200px“/><a><p class=“wp caption text”>our commervation<p><div><p>虽然此结构(<a href=“http://www.chemspider.com/chemical structure.7329.html”>chemspider record<a>)不捕获二茂铁的触觉和对单个碳的电荷定位不准确,它保留了正确的总电荷和化合价,并且不将配体显示为sigma键合。<p>more generally,我们应用一些规则和转换来标准化有机金属结构的表示。其中许多规则涉及选择将金属-碳(或金属-杂原子)描述为共价或离子,取决于金属和配体的性质。再一次,在机器可读结构的限制范围内工作时,必须作出让步,但我们试图将“更多离子”和“更多共价”键分类。一些示例如下:<p><ul><li>disconnect oxygen from group 1 and 2 metals.<li><li>connect oxygen to all other metals.<li><li>disconnect carbon from sodium,钾和钙P-块金属和一些类金属像这样的一般规则在某些情况下会失效。因此我们有额外的,更具体的规则来涵盖例外情况,我们反复改进的。<p><h3>但是这些错误仍然出现在chemspider中!<h3><p>at present the filtering described only applies to new data coming into chemspider.完整的Chemspider数据库,经过多年积累,当然包含了这里描述的每个错误的例子。要修复这些遗留错误,我们打算通过相同的质量过滤器运行整个数据库。这是一项重要的任务,有一些具体的挑战:需要人工审查的文件数量将增加一个数量级,处理时间和内存/CPU开销很高,数据集越大,我们越有可能遇到误报。为了应对这些挑战,我们正在花时间完善新的存款流程,并通过过滤器运行完整Chemspider数据库的子集,定期检查我们的进度。我们知道你需要访问你可以信任的数据,所以我们要确保我们做对了。随着项目的进展,我们将继续更新您的信息,所以请注意!</P> 英国皇家化学学会与ACD/实验室重新利手机客户端新建立合作关系,继续向全球研究界提供行业领先的数据。 //www.xcmww.com/chemspider/2018/07/30/royal-society-of-新利手机客户端chemistry-renews-partnership-with-acd-labs-to-continue-providing-industry-leading-data-to-worldwide-research-community/ 周一,2018年7月30日09:56:56+0000 苏珊·理查德森 新闻 //www.xcmww.com/chemspider/?P=12 ACD/Labs算法将在十年里程碑之后继续为Chemspider配备物理化学性质值和化学术语。多伦多,加拿大(7月26日,2018年)-ACD/实验室,一家开发和商业化解决方案以支持研发的信息学公司,今天宣布继续与Chemspider合作,英国皇家化学学会拥有一个领先的化学数据库,新利手机客户端继续[…] <p><i>ACD/Labs Algorithms will continue to equipment Chemspider with physichemical property values and chemical terminals following ten year milestone.<i>><p>><b>Toronto,加拿大(7月26日,2018)<b>-<a href=“https://www.acd labs.com/home/”>acd/labs<a>,一家开发和商业化解决方案以支持研发的信息学公司,今天宣布继续与<a href=“http://www.chemspider.com/”>chemspider合作,英国皇家化学学会拥有一个领先的化学数据库,新利手机客户端继续向不断扩展的平台提供预测的物理化学性质和化学术语。<i>>for over ten years,科学家已经访问了这一公开可用的免费资源,以便在准备研究或实验时收集有关化合物的信息。<p>作为物理化学预测软件的行业标准,选择ACD/Labs生成属性信息,包括Log<i>p<i>,Log<i>d<i>(在各种PHS下)Lipinski规则-5值,沸点,并提供结构(反之亦然)功能的名称。伙伴关系的更新进一步反映了该平台的成功及其作为科学界最强大的在线化学结构数据库之一的持续重要性。随着平台的推进,Chemspider将继续使用ACD/Labs算法为研究人员提供质量洞察。<p>“我们开始了赋予研究人员以全面的化学数据视图的使命,以通知研发计划,”Richard Kidd说,出版商,英国皇家化学学会。新利手机客户端“通过与ACD/实验室合作并利用其财产信息,我们已经能够满足用户的知识需求,这反映在我们自皇家化学学会十年前收购Chemspider以来的快速增长中。新利手机客户端到目前为止,由ACD/Labs算法填充的属性信息是Chemspider上访问最多的信息之一,并且在我们的服务中仍然是一个关键的驱动程序。“<p><p>while chemspider has double the size of its database,它仍然致力于从有选择的来源维护高质量的数据。随着平台的不断发展,Chemspider将以批处理的方式使用ACD/Percepta预测算法和ACD/Name工具来填充数据库并增强公共可用的化学智能。<p>“启用化学知识的传播并提供加速研发的解决方案是我们在ACD/Labs的首要任务之一,”Gabriela Cimpan说,高级销售总监,欧洲,ACD/实验室。“Chemspider正在整个化学界增强知识,我们感到很荣幸能够支持全球学习。”<p><p>for more information on acd/percepta,访问<a href=“https://www.acd labs.com/percepta”>https://www.acd labs.com/percepta</a>><p>for more information on acd/labs chemical terminals tools,有关chemspider的更多信息,请访问。访问<a href=“http://www.chemspider.com/”>http://www.chemspider.com<a><p><h2>about advanced chemis新利手机客户端try development,inc.<h2><p>acd/labs is a leading provider of scientific informations technologies to r&d organizations that rely on analytical data and molecular information for decision-making,解决问题,以及产品生命周期控制。我们的软件自动化并加速分子表征,产品开发,以及知识管理。我们与现有的信息系统集成,并承担包括企业级自动化在内的定制项目。<p>ACD/Labs Solutions are used globally in a variety of industries including pharma/biotech,化学制品,消费品,农用化学品,石油化工以及学术/政府机构。我们提供全球销售和支持,20多年的经验和成功帮助企业加速研发和利用企业智能。更多信息,请访问<a href=“http://cts.businesswire.com/ct/ct”?id=smartlink&url=http%3a%2f%2fwww.acdlabs.com&esheet=50749343&newsiteid=20131113005073&lan=en-us&anchor=www.acdlabs.com&index=4&md5=6e7aba78366732bfaaeb12137306bc83“>www.acdlabs.com.>在twitter上关注我们<a title=“acd/labs on twitter”href=“http://twitter.com/acd labs/”target=“ou blank”rel=“noopener”>@acd labs</a><p><h2>about the royal society of chemistry新利手机客户端</h2><p>The royal society of chemistry is the world's leading chemistry community,促进化学科学的卓越发展。新利手机客户端拥有超过50000名会员和遍布全球的知识产业,我们是英国化学科学家的专业机构;一个有着175年历史和对未来的国际视野的非营利性组织。我们推广,支持并庆祝化学。新利手机客户端我们致力于塑造化学科学的未来——造福科学和人类。<p>新利手机客户端 在Chemspider的幕后 //www.xcmww.com/chemspider/2018/06/26/behind-the-scenes-at-chemspider/ 星期二,2018年6月26日09:58:48+0000 苏珊·理查德森 幕后 数据质量 //www.xcmww.com/chemspider/?P=14 看看我们是谁,我们如何管理网站,以及我们如何管理数据质量。什么是Chemspider以及谁运行该服务?Chemspider是世界上最大的化学数据库之一,包含超过6500万个化学结构的数据。这些数据可在chemspider.com上免费提供给公众。[…] <p>看看我们是谁,我们如何管理网站,以及我们如何管理数据质量。<p><h2>什么是Chemspider以及谁运行该服务?<p>Chemspider is one of the largest chemical databases in the world,Chemspider is one of the largest chemical databases in the world,包含超过6500万个化学结构的数据。此数据可在<a href=“http://www.chemspider.com/”>chemspider.com免费提供给公众英国皇家化学学会(Royal Society of Chemspider)是如何支持Chemspider的?<h2><p>chemspider.co新利手机客户端m is an independent service that does not dependent on direct or research grant funding.英国皇家化学学会支持该网站使用我们出版活动新利手机客户端产生的盈余,使我们能够提供可持续可靠的服务。我们还通过广告和提供付费网络服务获得收入,例如<a href=“https://developer.rsc.org/”>our apis>对于非学术用户。这些活动有助于保持Chemspider的财务可持续性,并有助于支持我们的服务器成本,工作时间和发展。<p><p>这些服务使我们能够让世界上任何人都可以免费使用该网站,2017年,我们拥有超过600万的独特用户。这些用户包括寻求家庭作业帮助的在校学生,学术界和工业界的研究人员,对于希望保持化学知识最新的普通用户。它们来自除南极洲以外的所有大陆,几乎地球上的每一个国家都是如此。<p><h2>什么东西进入了Chemspider?<h2><p>Chemspider data comes from the chemical sciences community itself–submit新利手机客户端ted by researchers,数据库,出版商,化学品供应商和更多。<p>We have two main inclusion criteria for chemspider data:<p><ol><li><b>machine readability<b>–depositors must provide structures in a machine-readable format,通常是一个.mol文件,它可以通过以下方式解释:<a href=“https://www.inchi-trust.org/”>inchi</a>–The open-source chemical structure representation algorithm.the.mol format describes how a compound is arranged,原子一个原子,键一个键。这意味着它只能准确地描述具有特定结构的小分子。对ChemSpider来说,“小型”指高达4000道尔顿的结构,包括短肽,寡核苷酸,以及其他结构。大蛋白,扩展的晶体格或长核苷酸太大,无法在Chemspider中准确描述。但也可以从其他适合大分子的数据库中获得。<p>我们也只接受“定义的结构”——具有精确链长的化合物,完全表达的功能组,和整数键序-由于需要描述分子中的每一个重原子。这意味着我们只能接受我们可以生成有效的inchi的结构。<p>大多数chemspider结构都是有机分子。然而,我们接受一些无机和有机金属化合物,用具体的方法来策划这些。.<li><li><b>real compounds<b>–we do not accept virtual or prophetic compounds.<li><p>as far as possible,我们只接受以物理形式合成或分离的化合物。这意味着我们不接受过渡状态,理论预测化合物,来自供应商的虚拟化合物或来自专利的预言化合物。<p><h2>谁是我们的数据源?<h2><p>We have received data from approw 250 unique data sources,包括化学品供应商的数据,专业数据库,个人,研究小组和出版商。这些来源跨越了化学科学的各个领域,包括生物化学,新利手机客户端新利手机客户端药理学和毒理学,天然产品,光谱学和结晶学。每个Chemspider记录都包含到化合物的所有数据源的链接,允许用户查找和检查数据的来源。<p><p>我们的数据源列表不断变化,当我们发现要添加和删除过时或低质量数据源的新数据源时。<p>我们不再接受来自其他数据聚合器的数据。我们已经采取了这一步骤,以使我们的质量要求与其他数据库相匹配,并减少由预言源产生的算法错误的传播。其中一个例子是<a href=“https://cdsouthan.blogspot.co.uk/2015/07/chessboardane and other stranged patent.html”>chessboardane<a>,它源自光学结构识别程序,将专利中的数据表解释为化学结构。结果是一个81碳网格结构,被错误地鉴定为复杂的环烷烃,它存放在公共存储库中,并在多个聚合器之间共享。<p>because of this,我们只直接从原始数据源获取数据,我们对数据的来源和准确性有更大的把握,并且正在努力在Chemspider中管理遗留数据。<p>because of examples like chessboardane,我们谨慎地接受来自文本和数据挖掘源的数据,这些数据是由存储者以编程方式从专利或科学文献中的文本或编码图像中提取的。回顾之后,我们添加了一些最优质的数据挖掘源。我们将继续根据具体情况审查潜在的新数据挖掘源,以确保其数据符合我们的质量标准。<p><h2>Automated filters.<h2><p>a manual check of every one the 6500万records in chemspider<i><i>would take an individual more than 600 years to complete working round the clock–even if we only invest每张记录的保存时间为五分钟。<p>我们通过一系列的自动过滤器来筛选出不合适的结构,比如那些不正确的价,不平衡电荷,或者缺少立体化学。新利手机客户端除了结构过滤器外,我们还应用基本名称和同义词筛选,并定期检查处理过的文件,以便改进我们的筛选。<p>We have provided a simpled overview of this process below,并将在a<a href=“//www.xcmww.com/chemspider/2018/09/18/chemspider pre deposition filters/”>单独的博客帖子中提供对我们过滤器的更详细描述。<a>:<p><img class=“wp-image-15 AlignCenter”src=“//www.xcmww.com/chemspider/files/2018/09/behindthescenes_Workflow-1024x393.png”alt=“structures are run through filters在克努姆。那些不合格的过滤器将被移除和审查。通过的结构存放在chemspider“width=”512“height=”196“srcset=”//www.xcmww.com/chemspider/files/2018/09/behindthessenes_workflow.png 1024w,//www.xcmww.com/chemspider/files/2018/09/behindthessenes_Workflow-300x115.png 300w,//www.xcmww.com/chemspider/files/2018/09/behindthessenes_Workflow-768x295.png 768w“size=”(最大宽度:512px)100vw,512px“/><p><h2>由Chemspider Staff管理</h2><p>Chemspider is run by<a href=“http://www.chemspider.com/theteam.aspx”>a small team of full-time curators</a>,他们致力于添加新化合物,删除错误,并响应用户反馈。我们的员工在化学数据和实际化学方面都有丰富的经验,新利手机客户端有有机合成和艺术保护等领域的背景,以及在其他英国皇家化学学会数据库工作的丰富经验,新利手机客户端例如,<a href=“https://www.rsc.org/merck index”>the merck index*<i>online=<i><a><i><i>and<a href=“http://pubs.rsc.org/lus/analytical abstracts”>analytical abstracts=<p><h2>community conservation=<h2><p>because we cannot review every record weself,我们非常感谢用户的评论或更正。帮助我们改进Chemspider的最简单方法是在发现错误时留下反馈或发送电子邮件给我们。我们尝试在几天内根据用户反馈采取行动,以便更快地进行更简单的查询。如果您在相关的Chemspider记录上留言发现错误,请告知我们。或者给我们发电子邮件(<a href=“mailto:chemspider@rsc.org”>chemspider@rsc.org</a>)。<p><p>希望获得更多参与的用户可以直接存放结构和策展同义词,与他们的研究或工作相关,无需向Chemspider团队发送电子邮件。<p>转到chemspider.com可按结构完全搜索,姓名,或高级查询,从任何设备,任何地方,免费。<p><p>to deposit data,告诉我们一个错误,成为馆长,或任何其他查询,请毫不犹豫地给我们发电子邮件,地址为:chemspider@rsc.org“>chemspider@rsc.org.<a>><p>>*name the merck index is owned by merck sharp&dohme corp.,默克公司的子公司,股份有限公司。,白宫站,新泽西州美国并被授权给英国皇家化学学会在美国使用。新利手机客户端和加拿大。</P> 新Chemspider网站简介 //www.xcmww.com/chemspider/2015/05/21/introduction-to-the-new-chemspider-website/ 清华大学,2015年5月21日10:22:00+0000 苏珊·理查德森 幕后 发展 //www.xcmww.com/chemspider/?P=48 大卫夏普写的博客文章。皇家化学学会的Chemspider团队自豪地宣布,我们的新外观Chemspider网站已新利手机客户端经启动。正如我们在上一篇文章中讨论的,这种新设计的一个关键特性是使Chemspider在尽可能多的设备上工作(从台式机到[…] <p>David Sharpe撰写的博客文章。<p>The Chemspider team at the Royal Society of Chemspider is prio新利手机客户端r to announced that our new look Chemspider website has been launched.正如我们在<a class=“AlignRight size fullTitle=”style=“float:none”href=“http://www.chemspider.com/blog/whats new with chemspider.html”>last post</a>这一新设计的主要功能之一是使chemspider在多个设备上工作(从桌面到移动电话)。<p><div id=“attachment_”style=“width:710px”class=“wp caption”AlignCenter“><a href=”//www.xcmww.com/chemspider/files/2018/09/newsite_home page-compare.jpg“><img class=”wp-image-18“src=”//www.xcmww.com/chemspider/files/2018/09/newsite_home page-compare-1024x59.jpg“alt=”chemspider home page“width=”700“height=”382“srcsset=”//www.xcmww.com/chemspider/files/2018/09/newsite_home page-compare-1024X55.JPG 1024W,//www.xcmww.com/chemspider/files/2018/09/newsite_homepage-compare-300x164.jpg 300w,//www.xcmww.com/chemspider/files/2018/09/newsite_homepage-compare-768x419.jpg 768W,//www.xcmww.com/chemspider/files/2018/09/newsite_homepage-compare.jpg 1486w“size=”(最大宽度:700px)100vw,700px“/><a><p class=“wp caption text”>The Chemspider homepage as it may appear on a desktop computer(left)and a mobile phone(right).<p><div><p><p>as the screenshots above illustrate,尺寸上的差异,形状和与页面交互的方法意味着你需要的网站视图在设备之间是非常不同的。响应式网站设计的性质也意味着我们提供的一些截图可能与您访问网站时看到的视图略有不同,然而,差异应该是清楚的。我们希望这会带来一种体验,在这种体验中,可用性和可读性不会因为功能而牺牲。<p><h2>What has changed?…什么保持不变?<h2><p>to start with the things that have staked the same:chemspider is still based on the same quality data and provides mechanisms for users to supply and curate data.我们也没有改变搜索查询的工作方式,因此,您以前运行的搜索仍应返回相同的结果。<p><h2>The key changes<h2><p>.<p><h3>1.新的页面标题</h3><p>we've moved all of the old menu items into a bar at the very top of each page<strong>(1)<strong>,我们还将在主页内容上方显示一个搜索栏<strong>(2)<strong>。在较小的显示器上,您将看到快速搜索框的图标,登录和帮助项目,所有其他选项都可以在“汉堡”符号下找到<strong>(3)<strong><p><div class=“mcetemp”><div><div id=“attachment_”style=“width:610px”class=“wp caption aligncenter”><a href=“//www.xcmww.com/chemspider/files/2018/09/newsite_header_compare.jpg”><img class=“wp-image-17”src=“//www.xcmww.com/chemspider/files/2018/09/newsite_header_compare.jpg“alt=”width=“600”height=“279”srcset=“//www.xcmww.com/chemspider/files/2018/09/newsite_header_compare.jpg 830W,//www.xcmww.com/chemspider/files/2018/09/newsite_header_compare-300x140.jpg 300w,//www.xcmww.com/chemspider/files/2018/09/newsite_header_compare-768x357.jpg 768w“size=”(最大宽度:600px)100vw,600px“/><a><p class=“wp caption text”>Comparison of the Chemspider page header on large and small screens<p><div><h3>2.较短的记录页面</h3><p>使Chemspider在移动设备上工作的最大挑战之一是如何在更小的屏幕上显示我们拥有的所有信息。我认为我们的解决方案实际上会使Chemspider更好地为每个人服务——无论他们如何查看站点。<p>之前,Chemspider记录是一个大的长页面,页面顶部有关于化学结构的基本细节,然后是一些可以打开或关闭的信息框,也可以重新订购。这在大多数情况下都很有效,但会导致不得不进行大量上下滚动的情况,可能无法找到您要查找的信息框。现在,我们仍然会在页面顶部显示一些关于化学结构的信息下面是一个单窗格<strong>(2)<strong>which contains tabs<strong>(3)<strong>that allow you to select the section of the record that you want to display.这意味着,查看某些信息并查看与其相关的结构总是很容易的。<p><div id=“attachment_49”style=“width:610px”class=“wp caption aligncenter”><a href=“//www.xcmww.com/chemspider/files/2018/09/newsite_infotabs_annotated.jpg”><img class=“wp-image-49”src=“//www.xcmww.com/chemspider/files/2018/09/newsite_infotabs_annotated.jpg“alt=”chemspider record layout“width=”600“height=”652“srcset=”//www.xcmww.com/chemspider/files/2018/09/newsite_infotabs_annotated.jpg 860W,//www.xcmww.com/chemspider/files/2018/09/newsite_infotabs_annotated-276x300.jpg 276W,网址://www.xcmww.com/chemspider/files/2018/09/newsite_infotabs_annotated-768x834.jpg 768w“size=”(最大宽度:600px)100vw,600px“/><a><p class=“wp caption text”>The new page layout consides of a compound header<strong>(1)<strong>and a pane<strong>(2)<strong>diplaying the contents of the infotabs<strong>(3)<strong><p><div><h3>3.没有Java,不用担心<a href=“//www.xcmww.com/chemspider/files/2018/09/newsite_jsmol3d.jpg”><img class=“AlignRight wp-image-50”src=“//www.xcmww.com/chemspider/files/2018/09/newsite_jsmol3d.jpg”alt=“”width=“200”height=“475”srcsset=“//www.xcmww.com/chemspider/files/2018/09/newsite_jsmol3d.jpg 307w,//www.xcmww.com/chemspider/files/2018/09/newsite_jsmol3d-126x300.jpg 126w“size=”(最大宽度:200px)100vw,200 PX“//></A></H3>< P>许多浏览器不再支持Java小程序。好的Java免费版本的化学工具在过去的18个月里真的开新利手机客户端始起飞了,开始切换的时间是正确的。这意味着站点现在合并了JSMOL——启用3D结构视图,cif viewer and nmr/ir/ms spectrum display,以及ketcher and elemental for structure input/editing.<p>.<p><h3>4.结构搜索已简化</h3><p>previous,创建一个结构搜索有点像你不得不做的那样痛苦:在弹出窗口中打开结构编辑器,画出你的结构,然后将其保存回搜索页面–现在我们的结构编辑器嵌入到界面中,减少获得结果所需的步骤数量,使搜索更容易调整。<p><p>对于在平板电脑或移动电话上访问网站的任何人来说,一个特别有用的功能是<strong>convert structure<strong>tab,它可用于加载复杂结构作为搜索的基础,例如,在结构转换中使用“二苯甲胺”可提供一种结构,该结构可快速细化为<a href=“http://pac.iupac.org/publications/pac/68/3/0691/”>simpkins'chiral base precessor amine</a>shown in the screenshot.<p><p><a href=“//www.xcmww.com/chemspider/files/2018/09/newsite structured.jpg”><img class=“aligncenter wp-image-51 size large“src=”//www.xcmww.com/chemspider/files/2018/09/newsite-structured-677x1024.jpg“alt=”width=“450”height=“681”srcset=“//www.xcmww.com/chemspider/files/2018/09/newsite-structured-677x1024.jpg 677W,//www.xcmww.com/chemspider/files/2018/09/newsite-structured-198x300.jpg 198w,//www.xcmww.com/chemspider/files/2018/09/newsite-structured-768x1161.jpg 768W,//www.xcmww.com/chemspider/files/2018/09/newsite-structured.jpg 786w“size=”(最大宽度:450px)100vw,450px“/>.<a>>.<p>><h2>What's next?<h2><p>hold on a moment there!我们只是把所有这些伟大的功能都放到了网站上!我在开玩笑,但我们将花时间调整和完善新的设计。然后,我们将能够专注于进一步发展,如果我想推测的话,我建议我们看看更多的(非Java)工具,这些工具可以加入到网站中,以获得更好的体验。以及提高我们记录中数据质量的新方法。请浏览该网站,并通过chemspider向我们发送电子邮件,让我们知道您对新网站的看法。</p> Chemspider有什么新功能? //www.xcmww.com/chemspider/2015/05/15/whats-new-with-chemspider/ 周五,2015年5月15日10:41:49+0000 苏珊·理查德森 幕后 发展 //www.xcmww.com/chemspider/?P=53 大卫夏普写的博客文章。这个博客的订户可能已经注意到我们最近有点沉默。我想保证,这并不意味着我们一直在努力工作。事实上,我们一直在致力于对Chemspider进行一系列改进——改进我们的基础设施,[…] <p>由David Sharpe撰写的博客文章。<p>此博客的订阅者可能注意到我们最近有点安静。我想保证,这并不意味着我们一直在努力工作。事实上,我们一直在致力于对Chemspider进行一系列改进——改进我们的基础设施,开发提高数据质量和为我们的记录设计新布局的方法。<p>We will discus both the data quality work and the website reign work in more details in separate posts but before the release of the new website design I want to provide some insight in to what to expect when the changes go live.<p><h2>why are we chani现在开始浏览网站?<h2><p>well there are much a different reasons:<p><ol><li>primary,我们需要一个符合现代互联网标准的网站。这意味着该网站不仅需要在台式电脑上可用,还需要在平板电脑或手机上可用。这通常被称为<a href=“https://en.wikipedia.org/wiki/responsive_web_design”>responsive web design</a><li><li>chemspider has always had records that are full of lots of rich and varied types of information–which poses a challenge when it to presentation that information so that it is discoverable and easy to understand once找到了。我们希望新的布局将以直观和清晰的方式呈现数据,从而为每个人提供更好的体验。<li>我们需要远离那些广泛使用的浏览器不支持的技术。基于Java的工具在某些平台上已经成为用户的一个问题,而这种情况只会变得更糟。长期以来,我们在Java工具的旁边提供了非Java结构编辑器(站点的当前版本包含了一个HREF=“http://www. dotMyto.com/产品/元素/”>元素< /a>和<HeRF=“http://ssiutouc.NET/Services /Kekisher化学结构编辑器”> Ketcher </a>结构图。这个版本将看到采用< HRFF=“http://wiki .jMOL.org/index .php/jSuMl”> jSuML</a>来启用不支持Java的设备的3D结构视图和频谱显示小部件。在这个时候,我们提供Java和非Java解决方案,但期望在不久的将来逐步淘汰Java小程序。</LI> < LI>改进CycSpple与更广泛的< HRFF =“http://www. rcc.org/”>英国皇家化学学会< /a> Web家族< /L> </OL> < P> < /P> < H2>站点将如何工作?<h2><p>由于:user feedback and bug fixes.新利手机客户端我们还要看看如何使更复杂的接口(如高级搜索)更可用,但是,我们希望不会对站点进行任何重大更改。<p><h2>您使用的所有功能是否仍然可以访问?<h2><p>in the main,答案是:对!可能它们现在看起来略有不同,或者可以通过不同的接口访问。在移动设备上访问站点时,有两个注意事项:<p><ol><li><h3>The layout of a page on the smaller screens and tablets always needs to be different–where possible this is reached by rearranging the elements of the page and adding new controls.但是对于Chemspider界面的某些部分,我们意识到没有一种好的方法来显示所有数据,唯一的解决方案是不在这些较小的屏幕上显示页面的该部分。<li><li><h3>Removed Features<h3><p>There are a couple of features(such as the print but t on)which we feel were now relevant in the new design或需要重新设计以使其更可用。.<li><ol><h2>何时将启动新站点?<h2><p>we hope that the new site will be ready to release within the next week.<p><h2>how will the changes affect you?<h2><p>we hope that the transition will be smooth for everyone.新设计上线后,您可能需要刷新/清除浏览器缓存。新的设计确实需要一个现代的浏览器,并且很好地支持HTML5规范。我们将尽力确保网站在尽可能广泛的浏览器和平台上可用,但预计该网站在旧的浏览器(如IE7)中不会很好地工作。<p><h2>will it still be possible to access the site using the old interface?<p>不幸,旧界面将不能与新界面一起使用。<p><h2>How will you be able to provide feedback on the new design?<h2><p>提供反馈的最佳方式是在Chemspider向我们发送电子邮件<span class=“at”>-at-<span>rsc.org<p><p>keep an eye out for the new design–when it is maked live we will write a blog post about the changes.<p> 向Chemspider添加RSC CIFS //www.xcmww.com/chemspider/2013/12/09/adding-rsc-cifs-to-chemspider/ 周一,2013年12月9日16:44:07+0000 苏珊·理查德森 化学信息学 新闻 //www.xcmww.com/chemspider/?P=67 写的是爱玲日。我们很高兴地宣布,我们刚刚向Chemspider进口了1047 CIFS晶体结构,这些晶体结构以前在RSC文件中报告过(并作为ESI提供给Chemspider),用于相关化合物,并将这些链接回原始文章和CCDC的WebCSD,例如[…] <p>作者:Aileen Day.<p><p>我们很高兴地宣布,我们刚刚将1047 CIFS进口到了Chemspider of Crystal Structures,该产品以前曾在RSC论文中报告过(并且可作为ESI用于这些产品)到Chemspider for the relevant compounds,并将这些链接回原始文章和CCDC的WebCSD,例如<a title=“example compound with rsc article cif”href=“http://www.chemspider.com/chemical-structure.10290319.html”target=“ou blank”rel=“noopener”>example compound with rsc article cif<a>(请参阅cif infobox)。由于上传到Chemspider的每个CIF必须与Chemspider化合物关联,这项任务的难点在于为每一个3D晶体结构(in<a title=“cif file format”href=“http://en.wikipedia.org/wiki/chemical ou table ou file”target=“ou blank”rel=“noopener”>.mol file format</a>)制定二维分子结构(in<a title=“cif file format”href=“http://en.wikipedia.org/wiki/crystalographic ou information ou file”target=“_blank”rel=“noopener”>.cif file format</a>)–这尤其困难,因为cifs只包含有关每个原子位置的信息,而不包含原子如何在晶体中彼此结合,或它们是否带电。<br/>最终,我们希望执行此cif到mol转换(以及整个上载)程序。一般不需要人工干预。然而,目前没有可靠的方法可以做到这一点——尽管诸如openbabel的程序可以用于从每个CIF中提取MOL,这种转换的可靠性不是100%。<br/>因此,作为我们在南安普敦大学的学生实习生项目之一,今年夏天(与<a href=“//www.xcmww.com/chemspider/2013/09/25/南安普敦大学实习一起,将论文数据传输到labtrove和chemspider/”>南安普敦大学的另一个学生实习生项目rsity to share thesis data in chemspider(在Chemspider中共享论文数据)we used openbabel(version 2.3.2,从命令行运行选项-i cif inputfilename.txt-o mol-m-unique-d-addpolarh,提取rsc存档中所有cif的mols(截至2013年6月超过43000个文件),并登记julija kezina(如下所示),以检查这些转换的结果,以确保只有良好的结构和cif对将存放到c血蛛属为了更好地理解转换过程中的问题,以期解决这些问题。一个立即变得明显的问题是,由于获得的二维结构只是三维结构沿细胞轴的投影,这并不总是最清楚地显示分子的方向,即使它们在原子之间有写化学连接,所以所有的分子结构都是通过<a title=“openeye”href=“http://www.eyesopen.com/”target=“_blank”rel=“noopener”>openeye的</a>cleaning algorithm before being reviewed.<p><div id=“attachment_”style=“width:310px”class=“wp caption alignleft”><a href=“//www.xcmww.com/chemspider/files/2018/09/rsccif_20130919_135529_cropped.jpg”><img class=“wp-image-21 size medium”src=“//www.xcmww.com/chemspider/files/2018/09/rsc cif_20130919_135529_cropped-300x225.jpg”alt=“julija kezina-南安普敦大学实习生谁检查CIF到MOL转换”width=“300”height=“225”srcsset=“//www.xcmww.com/chemspider/files/2018/09/rsc cif_20130919_135529_cropped-300x225.jpg300瓦,//www.xcmww.com/chemspider/files/2018/09/rsccif_img_20130919_135529_cropped.jpg 455w“尺寸=”(最大宽度:300px)100vw,300px“/><a><p class=“wp caption text”>julija kezina–southanpton university intern who examined cif to mol conversion.<p><p>julija compared each structure in the output mol files with those in the original cif files to judge when the conversion was accurate or not.此外,作为额外的支票,所有输出分子结构均提交至<a title=“chemspider验证和标准化平台”href=“http://cvsp.chemspider.com/”target=“ou blank”rel=“noopener”>chemspider验证和标准化平台</a>以过滤出存在结构问题的分子(例如。立体化学,新利手机客户端价格或拥挤问题)。<br/>总体而言,Julija检查的约30%的CIF-MOL转化率良好,原子和离子的正确连接(尽管其中约30%需要重新定位原子位置以清洁或整理结构,手动或使用chemdraw的清洁功能)。只有一个分子(不含溶剂分子或共晶等)的1047个分子是那些已与相应的CIFS沉积到Chemspider中的分子。<br/>成功转化率最高的期刊是<a title=“分子生物系统”href=“http://pubs.rsc.org/en/journals/journal/mb”target=“_blank”rel=“noopener”>Molecular Biosystems<a>(57%),<a title=“medchemcomm”href=“http://pubs.rsc.org/en/journals/journal/md”target=“_blank”rel=“noopener”>medchemcomm<a>(51%),<a title=“有机和生物分子化学”href=“http://pu新利手机客户端bs.rsc.org/en/journals/journal/ob”target=“ou blank”rel=“noopener”>Organic and biomoler chemistry<a>(44%)and<a title=“green chemistry”href=“http://pubs.rsc.org/en/journals/journal/gc”target=“ou blank”rel=“noopener”>green chemistry<a>(44%)–The journals which in general are a关于小有机分子。<br/>Julija在南安普顿大学的国家晶体学服务办公室工作。在西蒙·科尔斯教授的共同监督下,我们感谢他们对CIF文件格式的更细微之处提供的帮助和建议。<p><h3>不成功的CIF到MOL转换</h3><p>在这样一个大型且变化的结构集上运行和评估openbabel给了我们一个识别和分类遇到的最常见问题的有用机会。在这里,我们分享这些,并给出一些示例,这些示例能够识别管道中一些容易的修复,这些修复可能有益于整个社区,并在进行此操作时用作测试用例。我们将向<a title=“openbabel论坛”href=“http://forums.openbabel.org/”target=“_blank”rel=“noopener”>openbabel论坛报告这些错误,因为openbabel是开源的,希望通过与其他开发人员的合作,在未来至少解决其中的一些问题。<p>The following openbabel bugs look like they may be most directly to fix:<p><table border=“1”><tbody><tr><td width=“66%”>details.<td><td width=“34%”>example.<td><tr><td><ul><li>category:bad_nitro.<li><li>frequency:233</li><li>description:在结构抽屉中表示硝基有不同的方法–openbabel目前通过生产含五价氮的MOL来实现。在Chemspider中,我们选择避免这种情况,而采用电荷分离的硝基格式。<li><li>solution:allow openbabel to have a different output option for nitro groups to output them as shown in corrected mol file.<li><ul><td><a href=“//www.xcmww.com/Chemspider/files/2018/09/rsccif_ob_B209378b_1.jpg”><img class=“Alignnone wp-image-27“src=”//www.xcmww.com/chemspider/files/2018/09/rsccif_ob_b209378b_1-300x203.jpg“alt=”width=“200”height=“135”srcset=“//www.xcmww.com/chemspider/files/2018/09/rsccif_ob_b209378b_1-300x203.jpg 300W,//www.xcmww.com/chemspider/files/2018/09/rsccif_ob_b209378b_1.jpg 663w“尺寸=”(最大宽度:200px)100vw,200px“/>.<a><p><ul><li>cif:<a href=“https://www.ccdc.cam.ac.uk/structures/search”?ccdcid=ccdc%20194360“>ccdc 194360</a><li>chemspider:<a href=“http://www.chemspider.com/chemical structure.10001804.html”>10001804</a><li><ul><tr><td><ul><li>category:bad_mult.<li>frequency:434</li><li>description:duplicate(exactly identical,包括立体化学)尽管使用–uniq新利手机客户端ue选项运行openbabel(该选项应根据其inchis筛选出重复分子),但分子仍存在于生成的MOL文件中。<li><li>solution:fix openbabel when run with the–unique选项so that it works.<li><ul><td><a href=“//www.xcmww.com/chemspider/files/2018/09/rsccif_nj_b306072a_1.jpg“><img class=“Alignnone wp-image-26”src=“//www.xcmww.com/chemspider/files/2018/09/rsccif_nj_b306072a_1.jpg”alt=“”width=“200”height=“69”srcset=“//www.xcmww.com/chemspider/files/2018/09/rsccif_b306072a_1.jpg 611w,//www.xcmww.com/chemspider/files/2018/09/rsccif_nj_b306072a_1-300x103.jpg 300w“尺寸=”(最大宽度:200px)100vw,200px“/>.<a><p><ul><li>cif:<a href=“https://www.ccdc.cam.ac.uk/structures/search”?ccdcid=ccdc%20229590“>ccdc 229590</a>><li>chemspider:<a href=“http://www.chemspider.com/chemical structure.3915.html”>3915</a>><li>><td>><tr>><td>><ul>><li>category:bad偅MissingPartofMolecular.<li>>frequency:724.<li>>description:part of the molecular is missing.<li>cause:openbabel does't understand crystal symmy–only显式列出位置的cif中的原子包含在生成的mol文件中,而那些由对称性推断出来的则不是。.<li><li>解决方案:使openbabel从cif文件中的对称性生成完整的分子,或者建议在openbabel之前运行一个脚本/程序,该脚本/程序可以处理一个cif以生成另一个包含所有原子的cif。.<li><ul><td><a href=“//www.xcmww.com/chemspider/files/2018/09/rsc cif-ce-b202304k-u 5.jpg”><img class=“alignnone wp-image-19”src=“//www.xcmww.com/chemspider/files/2018/09/rsc cif-ce-b202304k-u 5.jpg”alt=“”width=“200“height=”83“srcset=”//www.xcmww.com/chemspider/files/2018/09/rsccif_ce_B202304K_5.jpg 516w,//www.xcmww.com/chemspider/files/2018/09/rsccif_ce_B202304K_5-300x124.jpg 300w“尺寸=”(最大宽度:200px)100vw,200px“/>.<a><p><ul><li>cif:<a href=“https://www.ccdc.cam.ac.uk/structures/search”?ccdcid=ccdc%20185091“>ccdc 185091</a>><li>chemspider:<a href=“http://www.chemspider.com/chemical structure.11917.html”>11917</a>><ul>><td>><tr>><td>><ul>><li>category:bad ou partialoccupational</li>><li>frequency:432<<li>description:partial occupancy of multiple sites for a specific atom in the cif file.<li>cause:in cif files so多个站点的Metimes位置的指定占用率小于1–OpenBabel不认识到这一点,并假设所有站点的占用率都是一个有效的,因此在MOL文件中有一些原子或碎片的副本。<li><li>solution:where the _atom_site_occupancy is less than one,把原子组合成相互替代的原子(按类型,接近,以及那些加起来总占用率为1)并且只选择其中一个包含在最终的MOL文件中的文件(具有最高站点占用率的文件,或者如果两个拥有相同的占有率,例如0.5然后随机选择一个)。注意要有一致性,所以如果一个C被丢弃,然后,所有具有部分占用的相邻H也将被丢弃,但那些绑定到包含的C的被包括在内(如所附示例中所示)。<li><ul><td><a href=“//www.xcmww.com/chemspider/files/2018/09/rsccif_md_c2md20054f_1.jpg”><img class=“Alignnone wp-image-22”src=“//www.xcmww.com/chemspider/files/2018/09/rsc c如果_md_c2md20054f_1.jpg“alt=”width=“200”height=“141”srcset=“//www.xcmww.com/chemspider/files/2018/09/rsccif_md_c2md20054f_1.jpg 577W,//www.xcmww.com/chemspider/files/2018/09/rsccif_md_c2md20054f_1-300x212.jpg 300w“尺寸=”(最大宽度:200px)100vw,200px“/>.<a><p><ul><li>cif:<a href=“https://www.ccdc.cam.ac.uk/structures/search”?ccdcid=ccdc%20854369“>ccdc 854369</a><li>chemspider:<a href=“http://www.chemspider.com/chemical structure.68005704.html”>68005704</a><li><ul><td><tr><tbody><table><p>many of the problems were caused by diochronizations or errors in the input cifs,但总体上,OpenBabel并没有很好地处理这些问题(例如写一条错误消息并终止程序),但是,在大多数情况下,程序进入无限循环并挂起。因为这个,因为OpenBabel转换是较长脚本的一部分,所有openbabel作业都必须以任意超时运行,这样如果在超时之后仍在运行,它们就会被杀死,它可能丢弃了一些有效但长期运行的OpenBabel作业。我们将调查是否有一个可以在CIFS上自动执行的验证程序,以筛选出存在这些问题的验证程序(类似于<a title=“CCDC的Encifer”href=“http://www.ccdc.cam.ac.uk/solutions/freesoftware/pages/Encifer.aspx”target=“_blank”rel=“noopener”>CCDC的Encifer<a>但是可以通过编程方式运行)。但是,通过在遇到这些问题时能够很好地退出,使OpenBabel更加可靠是相对简单的,这样就不需要进行预验证。这些问题列在下表中:<p><table border=“1”><tbody><tr><td width=“66%”>details<td><td width=“34%”>example<td><tr><td><ul><li>category:cif_nocoordinates<li><li>frequency:378<li>description:cif does't contain any coordinates<li>cause:some cifs contain e.g.粉末衍射细化数据且不包含坐标。.<li><li>解决方案:openbabel已经发出错误:“cif error:no atom found!(in data block:xxx)”–如果找到了(而不是尝试继续),只需中止程序即可。<li>><ul>><td>><td>><tr>><td>><ul>><li>category:cif_MissingLoop.<li>>frequency:85.<li>>description:cif misses a“loop_u”line.<li>>solution:do an initial check that there is at least one loop_Line in the expected place before attempting to do the转换。.<li>><ul>><td>><td>><a a href=“http://blog.rsc.org/chemspider/file/2018/2018/09/RSCCif_obob25400j_2.JPg“><img class=“Alignnonwp-图像31”src=“http://blog.rsc.org/chemspider/文件/2018/2018/09/RSCCif C2ob254400j_.JPg”alt=www=“200”height=“103”srcsset=“http://blog.rsc.rsc.org/2018/2018/2018/2018/2018/2018/2018/2018/2018/2018/2018/09/RSccif/RSCCif/RSCCif-obobobobobobobobobobobob25400j 09/rsccif_ob_c2ob25400号JY2.JPG 68W,//www.xcmww.com/chemspider/files/2018/09/rsccif_ob_c2ob25400j_2-300x154.jpg 300w“尺寸=”(最大宽度:200px)100vw,200px“/>.<a><p><ul><li>cif:<a href=“https://www.ccdc.cam.ac.uk/structures/search”?ccdcid=ccdc%20753484“>ccdc 753484</a><li><ul><td><tr><td><ul><li>category:cif_commented field</li><li>frequency:36<li>description:if there is a cif field name in a commented section of the cif,openbabel不会忽略它,会进入一个infinite循环</li><li>solution:it wp-image-20“src=”//www.xcmww.com/chemspider/files/2018/09/rsccif-dt_c3dt33040k_1.jpg“alt=”width=“200”height=“57”srcset=“//www.xcmww.com/chemspider/files/2018/09/rsccif-dt_c3dt33040k_1.jpg 434w,//www.xcmww.com/chemspider/files/2018/09/rsccif_dt_c3dt33040k_1-300x86.jpg 300w“尺寸=”(最大宽度:200px)100vw,200px“/>.<a><p><ul><li>cif:<a href=“https://www.ccdc.cam.ac.uk/structures/search”?ccdcid=ccdc%20840581“>ccdc 840581</a><li><ul><td><tr><tbody><table><p>the following openbabel bugs were the most frequency in occurrence,但很难解决。它们是由以下问题引起的:cif格式不记录原子/离子上的电荷或它们之间的BONG类型,因此openbabel需要计算出它们的正确性,这是很难做到的。<p><table border=“1”><tbody><tr><td width=“66%”>details.<td><td width=“34%”>example.<td><tr><td><ul><li>category:bad\u chargemissing.<li><li>frequency:830<li><li>说明:分子中的一个或多个离子在生成的分子文件中对它们具有错误的电荷</li><ul><td><a href=“//www.xcmww.com/chemspider/files/2018/09/rsccif-md_c2md20105d_1.jpg”><img class=“Alignnone wp-image-23”src=“//www.xcmww.com/chemspider/files/2018/09/rsccif-md_c2md20105d_1.jpg”alt=“”width=“200”height=“69”srcset=“//www.xcmww.com/chemspider/files/2018/09/rsccif_md_c2md20105d_1.jpg 527w,//www.xcmww.com/chemspider/files/2018/09/rsccif_md_c2md20105d_1-300x104.jpg 300w“尺寸=”(最大宽度:200px)100vw,200px“/>.<a><p><ul><li>cif:<a href=“https://www.ccdc.cam.ac.uk/structures/search”?ccdcid=ccdc%20879075“>ccdc 879075</a>><li>chemspider:<a href=“http://www.chemspider.com/chemical structure.68005707.html”>68005707</a>><li>><td>><tr>><td>><ul>><li>category:bad_wroncoordination.<li>>frequency:747<<li>description:one or more atoms or ions in the molecular have the wrong coordination–problem observed in met铝离子,SPb和b</li><td><td><td><a a a href=“http://blog.rsc.org/chemspider/file/2018/2018/09/RSCCif-obU B314176d U 1.JPg“><img class=“Alignnonwp-image-30”src=“http://博客.RSc.org/chemspider/文件/2018/2018/2018/09/RSCCf-obU B314176d U 1.JPg”alt<<li>>>>>><td><td><a a a a a a href http://博客.rsc.org/Chemsspider/2018/2018/2018/2018/09/09/RSCCif-ob ob ob ob ob ob ob ob ob ob B314176d B314176_ob_b314176d_1.JPG 542W,,//www.xcmww.com/chemspider/files/2018/09/rsccif_ob_b314176d_1-300x118.jpg 300w“尺寸=”(最大宽度:200px)100vw,200px“/>.<a><p><ul><li>cif:<a href=“https://www.ccdc.cam.ac.uk/structures/search”?ccdcid=ccdc%20218529“>ccdc 218529<a>><li>chemspider:<a href=“http://www.chemspider.com/chemical structure.26579734.html?”>26579734</a>.<li>.<ul>.<td><tr><td><ul><li>category:bad摼bondMissing</li><li>frequency:587<<li>description:one or more of the bonds in the molecular are of the wrong order e.g.单一债券而非双重债券。<li>><ul>><td>><td>><a a href=“http://blohttp.rsc.org/chemspider/文件/2018/09/RSCCif-md U C3MD00077J U 1.JPg“><img class=“Alignnonwwp-image-24”src=“http://博客.rsc.org/chemspider/文件/2018/2018/09/RSCCif-md C3MD00077J_.JPg”alt=“wid=“200”height=“67”srcsset=“http://blog.rsc.rsc.org/chemspider/文件/2018/2018/2018/2018/2018/2018/2018/09/09/RSccif/RSCCif-md-md-md-md-C3MDMD00077J 09/rsccif_MD/博士_ c3md00077j_1.JPG 555W,//www.xcmww.com/chemspider/files/2018/09/rsccif_md_c3md00077j_1-300x101.jpg 300w“尺寸=”(最大宽度:200px)100vw,200px“/>.<a><p><ul><li>cif:<a href=“https://www.ccdc.cam.ac.uk/structures/search”?CCCCDCID=CCDC%20926530“>CCDC 926530“>CCDC 926530<a>><li><li>Chemspider:;<a a href http://www.chemspider.com/化学结构.34226187187.html“34226187187“>34226187187>>>>>><li>>>>>><uld=CCDCDCID=CCDC=CCDC%20926526530“>CCDC 926530“>CCDC CCDCDCDCID=CCDC%20926526530“>CCDC 926530<a>>>><a>>>><<li><<<li><<<<<li><<<<a a a a href http://http://http://http://www www.Chemspider.www.Chemspider.com.com/文件/2018/09/rsccif_nj_B301045G_3.jpg“><img class=“Alignnone wp-image-25”src=“//www.xcmww.com/chemspider/files/2018/09/rsccif_nj_B301045G_3-300x168.jpg”alt=“”width=“200”height=“112”srcset=“//www.xcmww.com/chemspider/files/2018/09/rsccif_B301045G_3-300x168.jpg 300W,//www.xcmww.com/chemspider/files/2018/09/rsccif_nj_B301045G_3.jpg 499W“尺寸=”(最大宽度:200px)100vw,200px“/>.<a><p><ul><li>cif:<a href=“https://www.ccdc.cam.ac.uk/structures/search”?CCCCDCID=CCDC%20203663“>CCDC 203663“>CCDC 203663<a>><li><li>Chemspider:;<a a href http://www.chemspider.com/化学结构.238575.html“238575”>238575>>>><li>>>>>><ul>>贸DCID=CCDC=CCDC%2020303663”>CCDC 203663“>CCDC 203663“>CCDC 203663““>CCDC 203663““>CCDC 203663<a>>>>>>>><li><<li><<li><<<li>Chemspider:<<<<堡堡堡堡:;;;<a a href http http http://http://www www www.Chemspider.Chems文件/2018/09/rsccif_ob_ b307014j_1.jpg“><img class=“Alignnone wp-image-28”src=“//www.xcmww.com/chemspider/files/2018/09/rsccif_ob_b3070114j_1-300x140.jpg”alt=“”width=“200”height=“93”srcset=“//www.xcmww.com/chemspider/files/2018/09/rsccif_ob_b3070114j_1-300x140.jpg 300w,//www.xcmww.com/chemspider/files/2018/09/rsccif_ob_b307014j_1-768x358.jpg 768W,//www.xcmww.com/chemspider/files/2018/09/rsccif_ob_b307014j_1.jpg 825w“尺寸=”(最大宽度:200px)100vw,200px“/>.<a><p><ul><li>cif:<a href=“https://www.ccdc.cam.ac.uk/structures/search”?CCDCID=CCDC%20218360“>CCDC 218360“>CCDC 218360<a><li>Chemspider:;<a a href http://www.chemspider.com/化学结构.68005705.html“6800570705““>68005705>>>><li>>>>>><ul>>&CCDCID=CCDC%CCDC%20218360““>CCDC 218360“>CCDC 218360“>CCDC DC 218360<a>><a><<<li><li><<li><<li><<<li>Chemspider:<li>Chemspider:<<<<i>Chemspider:;;;;;;<a a a href http http http://www www www www www www.Chemspider./rsccif_ob_b31166号9g_3.jpg“><img class=“alignnone wp-image-29”src=“//www.xcmww.com/chemspider/files/2018/09/rsccif_ob_b31169g_3-300x159.jpg”alt=“”width=“200”height=“106”srcset=“//www.xcmww.com/chemspider/files/2018/09/rsccif_ob_b31169g_3-300x159.jpg 300W,//www.xcmww.com/chemspider/files/2018/09/rsccif_ob_B311669G_3-768x407.jpg 768W,网址://www.xcmww.com/chemspider/files/2018/09/rsccif_ob_b31169g_3.jpg 780w“尺寸=”(最大宽度:200px)100vw,200px“/>.<a><p><ul><li>cif:<a href=“https://www.ccdc.cam.ac.uk/structures/search”?ccdcid=ccdc%20220380“>ccdc 220380</a><li>chemspider:<a href=“http://www.chemspider.com/chemical structure.21188989.html”>21188989</a><li><ul><td><tr><tbody><t able><p>there were also some problem mol files producted which either won't be able to be fixed by openbabel(since they resulted from either errors or limitations of the input cif不能追溯地修复的文件)或太难修复和/或太不经常发生值得努力的文件:<p><ul><li style=“list-style type:none”><ul><li>there were 237 cases where there were solution molements in the cif(many of which have missing hydrogens,分子或分子的一部分的部分占有,从而产生虚假的氧化剂,生成的分子文件中的分子和自由基片段(参见cif:<a href=“https://www.ccdc.cam.ac.uk/structures/search”?ccdcid=ccdc%20213787“>ccdc 213787</a>and chemspider record:<a href=“http://www.chemspider.com/chemical structure.68005706.html”>68005706</a>)。其中148个是水溶剂分子,氢原子缺失或分离。溶剂分子的低定义是衍射的CIF文件的限制,因此OpenBabel不可能在从它们派生的输出分子中更好地定义它们。然而,使用-r选项运行openbabel以删除除最大连续碎片之外的所有碎片,非常成功地删除了这些问题溶剂分子,因此不需要采取进一步的措施来处理此问题,并且此选项将由我们在将来使用。<li>there were 81 cases where there was least one missing hydrogen in the original到岸价(或在3种情况下,所有氢元素缺失)–参见<a href=“https://www.ccdc.cam.ac.uk/structures/search?”ccdcid=ccdc%20259871“>ccdc 259871<a><li>some cifs contain crystal structures which corresponding to continuous networks而非small molements(例如聚合物,MOFs沸石分子筛poms)不能有意义地以MOL格式捕获的内容–请参见<a href=“https://www.ccdc.cam.ac.uk/structures/search”?ccdcid=ccdc%20206593“>ccdc 206593</a><li><li>有几个(24)情况,其中获得的MOL文件中的立体化学定义不正确。新利手机客户端然而,因为Openbabel对立体化学有很好的解新利手机客户端释,这些病例相对较少,进一步调查这些问题可能不值得打扰苹果购物车——请参见<a href=“https://www.ccdc.cam.ac.uk/structures/search”?ccdcid=ccdc%20238611“>ccdc 238611</a>and<a href=“http://www.chemspider.com/chemical structure.9419187.html”>chemspider 9419187</a><li><ul>> 更多的六边形在飞机上 //www.xcmww.com/chemspider/2013/10/25/more-hexagons-in-the-plane/ 周五,2013年10月25日12:18:47+0000 苏珊·理查德森 化学信息学 //www.xcmww.com/chemspider/?P=95 科林·巴奇勒著。最近我听到有人骑着从约翰·奥格罗特到兰斯端1400公里的自行车,一路逆风,因为它在地图上看起来像是在下坡,因此比较容易。(我很感谢曼彻斯特大学的尼尔·斯文斯顿的这则轶事。)你可以…… <p>Colin Batchelor写的。<p>最近我听说有人从John O'Groats骑了1400公里到Lands End,一路逆风,因为它在地图上看起来像是在下坡,因此比较容易。(我很感激<a title=“for it is he”href=“http://neil swainston.blogspot.co.uk/”>neil swainston</a>of the university of manchester for this轶事。)<p><p>You may think that“down”on the page is illically to be“down”in 3d space,但有一个有趣的例外,至少对于“down”的某些解释而言。<p><p><a title=“hexagons in the plane”href=“//www.xcmww.com/chemspider/2013/04/17/hexagons in the plane/”>some time ago</a>i give a triaser of my sheffield talk,该网站现在在线<a href=“http://www.slideshare.net/rsc chemistry/201新利手机客户端30724 cisrg sugarsbatchelor”>here<a>and<a title=“谢菲尔德大学网站”href=“http://cisrg.shef.ac.uk/shef2013/talks/58.pptx”>here<a>。讨论的数学主题是重新绘制小分子中的糖环,以便用化学信息系统对其进行适当的索引。摘要显示了六边形的分类,这样我们就可以知道要应用哪些规则。<p>It coulds out that for the hexagons we see most in practice,六角椅子和六角霍沃斯,至少如果六边形本身的长轴在页面上大致水平,如果一个键在页面上指向“向下”,当我们重新画出从“上面”看的六边形时,然后债券仍将指向下方,需要用虚线债券重新支取。同样适用,<em>作必要的修改对于指向“向上”的债券。<p><p>so far,简单得让人心痛。有时候任务真的比看起来容易。还有两件事要解决,不过。其中一个很简单,涉及到在任何给定结构中绘制多少立体键的著名规则(<a href=“//www.xcmww.com/chemspider/2012/11/09/weckets-hashes-and-a-side-order-of-grice/”>我之前提到过这一点)。另一个是整理分子,这样布局算法就不会撤销你所有的好工作。这有点棘手,我需要更多地了解已经有哪些工具可用于执行此操作。<p> 南安普敦大学实习将论文数据传输到实验室和Chemspider //www.xcmww.com/chemspider/2013/09/25/southanpton-university-periovations-to-transfer-thesis-data-into-labtrove-and-chemspider/ 结婚,2013年9月25日10:13:10+0000 苏珊·理查德森 幕后 新闻 //www.xcmww.com/chemspider/?P=122 写的是爱玲日。今年夏天,南安普敦大学有许多学生在该大学与英国皇家化学学会和Chemspider联合项目上实习。新利手机客户端其中三名学生一直在筛选理查德·惠特比研究小组过去成员的论文,以提取[…] <p>作者:Aileen Day.<p>This Summer have been a number of students from the university of Southampton doing peripherations on joint projects between the university and the royal society of chemspider.新利手机客户端其中三名学生一直在筛选<a title=“Richard Whitby's Research Group”href=“http://www.southanpton.ac.uk/chemistry/about/staff/rjw1.page”target=“_blank”rel=“noopener”>Richar新利手机客户端d Whitby's Research Group的过去成员的论文,以便提取化合物,其中的光谱和反应数据(以及相关的实验室笔记簿,将光谱文件归档)并在Labtrove中共享,切姆斯皮德,CSSP。学生们——亚历克斯·哈特克,然而,Wai Lee和Josh Whittam(所有二年级本科生)与论文数据框一起显示如下:实验室笔记本和光谱打印输出它们数字化。<p><div id=“attachment_123”style=“width:310px”class=“wp caption alignleft”><a href=“//www.xcmww.com/chemspider/files/2018/09/thesis_internsphoto3.jpg”><img class=“size medium wp-image-123”src=“//www.xcmww.com/chemspider/files/2018/09/thesis_internshoto3-300x225.jpg”alt=“sout汉普顿大学实习生“width=”300“height=”225“srcset=”//www.xcmww.com/chemspider/files/2018/09/thesis x225.jpg 300W,//www.xcmww.com/chemspider/files/2018/09/thesis-intersphoto3-768x576.jpg 768W,网址://www.xcmww.com/chemspider/files/2018/09/thesis-intersphoto3-1024x768.jpg 1024w“size=”(最大宽度:300px)100vw,300px“/><a><p class=“wp caption text”>Southampton University实习生</p><div><p>Between them digitified 7 thesses,作者A.亨德森,L.SayerD.欧文,D.麦克法兰,f.GiustinianoG.SalusteJSTEC这导致1035个labtrove页面被发布到<a title=“whitby group's labtrove”href=“http://blog s.chem.soton.ac.uk/whitby ou group”target=“ou blank”rel=“noopener”>whitby group's labtrove blog<a>,这些是复合信息的丰富来源–包括复合结构,姓名,性质和光谱,所有这些都存放在chemspider中,导致<a href=“http://www.chemspider.com/search.aspx?”dsn=whitby+group%2c+university+of+southanpton“>208 new compound pages.<a>,关于<a title=“Spectra in Chemspider”href=“http://www.chemspider.com/spectrum.aspx”target=“_blank”rel=“noopener”>600 Spectrum<a>,对于此项目,学生手动将化合物信息存入Labtrove,然后将化合物和光谱存入Chemspider。然而,我们目前正在开发一系列Chemspider jquery小部件,这些小部件可以集成到基于Web的ELN中,例如Labtrove,这样可以更容易地将Chemspider中的复合信息输入到实验中。并将化合物和反应数据从ELN发布到Chemspider,CSSP和Chemspider反应。这将从最初的<a title=“Proof of of Concept”href=“http://www.chemspider.com/blog/search and add from chemspiderdirectly from labtrove and other blog-based websites which use tinymce.html”>Proof of Concept</a>to retrieve chemspider information and enter it in to labtrove pages.<p>with this long-term aim in view,实习生储存化合物和反应数据的实验页面是使用实验模板构建的。这种结构将使发布小部件更容易理解数据并以正确的方式进行处理。这样,该项目的一部分是为了确保模板适用于在Labtrove中存储复合数据而进行的测试。以及chemspider compound and associated data templatetby_group/42193/chemspider_syntheticpages_-style_-reaction_-template_uu-help_and_-further_-information.html“target=”_blank“rel=”noopener“>帮助页</a>,还编写模板以格式化方式存储反应数据,因为这些论文主要集中在化合物的合成上。最简单的说,基本反应数据可以使用<a title=“chemspider reactions template”href=“http://blogs.chem.soton.a c.uk/whitby ou group/44636/chemspider ou reactions ou template.html”target=“ou blank”rel=“noopener”>chemspider reactions template<a>(and corresponding<a title=“help page”href=“http://blogs.chem.soton.a c.uk/whitby ou group/44639/c”存储在Labtrove中。hemspiper_reactions_template_uu help_and_further_information.html“target=”_blank“rel=”noopener“>帮助页</a>,最终,以这种格式撰写的文章将很容易发布到Chemspider的反应中。可以使用<a title=“chemspider syntheticpages style reaction template”href=“http://blogs.chem.soton.ac.uk/whitby_group/42180/chemspider_syntheticpages_style_reaction_template.html”target=“_blank”rel=“noopener”>chemspider syntheticpages style reaction template<a>(and corresponding<a title=“help page”来存储更详细的反应数据。href=“http://blogs.chem.soton.ac.uk/whitby_group/42211/chemspider_compound_and_associated_data_template_uu help_and_further_information.html”target=“_blank”rel=“noopener”>Help page</a>。最初的目的是将所有这些反应数据存储到<a href=“http://cssp.chemspider.com”>chemspider syntheticpages<a>中,但很明显,除了进行反应的研究人员之外,任何人都很难做到这一点,或其监督人为提交CSSP提供必要的详细信息,尤其是通过回顾性地总结论文是不容易达到的。因此,只有少数反应提交给了CSSP,大多数(超过500)被存储在labtrove中,以便将来提交给chemspider reactions。<p>if reactions can be published easyly from elns to chemspider reactions and that is easyly queryable by other researchers and their applications when performing new reactions this will be a major step to the aims of the<a title=“dial-a-molecule“href=“http://www.dial-a-molecular.org/wp/”target=“_blank”rel=“noopener”>dial-a-molecular<a>(an epsrc Grand Challenge Network)。需要捕获的反应数据的一个重要部分是反应中使用和产生的物质的化学计量表。然而,这些化学计量学表太复杂,无法合并到实验室模板中,因此,labtrove反应模板将与一个新的chemspider jquery小部件一起使用,该小部件目前正在与labtrove集成(稍后将在本博客上详细介绍!)这将构成它们。该小部件执行chemspider查找以检索复合信息,并计算当量,从而节省研究人员计算所需反应物量或所得产物产量的时间。反应贴的一个示例,最初使用<a title=“chemspider reactions template”href=“http://blogs.chem.soton.ac.uk/whitby ou group/44636/chemspider ou reactions ou template.html”target=“ou blank”rel=“noopener”>chemspider reactions template<a>创建,然后使用chemspider edi向其添加化学计量表进行补充。t化学计量表小部件显示<a title=“example reaction with化学计量学table”href=“http://blogs.chem.soton.ac.uk/whitby ou group/45820/reaction_305 pentenyL56 dihydro4hpyran.html”target=“ou blank”rel=“noopener”>here<a><p><p>if you are a labtrove user and wish to use the chemspider templates,他们的来源可以通过上面的链接获得,在labtrove中使用模板的说明在这里记录<a title=“instructions for using templates in labtrove”href=“http://www.labtrove.org/documentation/using_a_template”target=“_blank”rel=“noopener”></p> Chemspider搜索的最新改进(第3部分) //www.xcmww.com/chemspider/2013/06/21/recent-improvements-to-chemspider-search-part-3/ 周五,2013年6月21日10:43:01+0000 苏珊·理查德森 提示和技巧 //www.xcmww.com/chemspider/?P=55 在本系列的第一部分中,我们讨论了用分子式范围搜索,并结合子结构搜索和其他类型的搜索。第二部分介绍了如何通过生物活性等补充信息进行搜索。外观或熔点。这次,我们将演示如何结合这些新功能使用搜索来帮助[…] <p>在本系列的<a href=“//www.xcmww.com/chemspider/2013/06/13/recent-improvements-to-chemspider-search-part-1/”>第1部分中,我们讨论了按分子式范围搜索,并结合子结构搜索和其他类型的搜索。<a href=“//www.xcmww.com/chemspider/2013/06/21/recent-improvements-to-chemspider-search-part-2/”>第二部分</a>Covered how to search by supplementary information like bioactivity,外观或熔点。这一次,我们将演示如何结合这些新功能使用搜索来帮助回答您在实验室可能遇到的问题。<p><p>在对苯酚执行溴化反应后,您分离出熔点为90-93°C的产品。如果你只搜索三条信息——你的产品是苯酚的衍生物,它应该至少含有一个溴,您的熔点是90-93°C–您可以在<a title=“advanced search”href=“http://www.chemspider.com/fullsearch.aspx”target=“ou blank”rel=“noopener”>advanced search page上构建搜索,以帮助您开始识别产品。<p><p style=“text-align:center”><a href=“//www.xcmww.com/chemspider/files/2018/09/search3 improvements-to-search-advanced-search.png“><img class=“Alignnone size full wp-image-39”src=“//www.xcmww.com/chemspider/files/2018/09/search3 improvements-to-search-advanced-search.png”alt=“”width=“628”height=“559”srcset=“//www.xcmww.com/chemspider/files/2018/09/search3 improvements-to-search-advanced-search//www.xcmww.com/chemspider/files/2018/09/search3_improvements-to-search-advanced-search-300x267.png 300w“size=”(max width:628px)100vw,628px“/>.<a>.<p><p>since you can now combine substructure searchs with other searchs,首先要寻找一种含有苯酚的化合物(<b>search by substructure<b>)。为了限制你的结果溴化酚,添加C6H(1-5)O1BR(1-5)的分子式范围搜索(<b>Search by properties<b>)。最后,您搜索熔点为90-93°C(<b>search by supplementary information<b>).<p><p style=“text-align:center”><a href=“//www.xcmww.com/chemspider/files/2018/09/search3撎improvements-to-search-advanced-search-1.jpg”><img class=“alignone size full wp-image-40”src=“//www.xcmww.com/chemspider/files/2018/09/search3_ improvements-to-search-advanced-search-1.jpg“alt=”width=“620”height=“194”srcset=“//www.xcmww.com/chemspider/files/2018/09/search3_improvements-to-search-advanced-search-1.jpg 620W,//www.xcmww.com/chemspider/files/2018/09/search3_improvements-to-search-advanced-search-1-300x94.jpg 300w“size=”(max width:620px)100vw,620px“/><a><p><p>Your search turns up one result–<a title=“2,4,6-tribromophenol”href=“http://www.chemspider.com/chemical-structure.1438.html”target=“_blank”rel=“noopener”>2,4,6-tribromophenol.<a>。虽然您需要更多信息来最终确认身份,这将为您的分析/说明提供线索。<p><p>Taking a look at<a title=“2,4,6-tribromophenol”href=“http://www.chemspider.com/chemical-structure.1438.html”target=“_blank”rel=“noopener”>The record<a>,您可能会注意到它有一个来自NIST的交互式红外光谱。如果检查数据源部分,您会发现记录有很多数据源。<p><p style=“text-align:center”><a href=“//www.xcmww.com/chemspider/files/2018/09/search3撎improvements-to-search-data sources.jpg”><img class=“alignone size full wp-image-41”src=“//www.xcmww.com/chemspider/files/2018/09/search3撎improvements-to-search-data sources.jpg”alt=““width=”625“height=”108“srcset=”//www.xcmww.com/chemspider/files/2018/09/search3偅improvements-to-search-datasources.jpg 625w,//www.xcmww.com/chemspider/files/2018/09/search3_improvements-to-search-datasources-300x52.jpg 300w“size=”(最大宽度:625px)100vw,625px“/></a><p><p>to make it simper to identify有用信息You can browse the tabs to look for specific types of information:for instance the”spectral data“tab provides links to data in the<a href=“http://www.massbank.jp/”>massbank</a>and<a href=“http://www.nmrshiftdb.org/”>nmrshiftdb</a>databases,这将有助于您确认/确定产品是否为2,4,6-三溴苯酚。<p><p>这只是一个示例,说明如何在高级搜索页面上组合不同的搜索。高级搜索是缩小搜索范围以帮助您准确查找所需内容的一种好方法,还有很多选择我们还没有讨论,因此,四处看看,看看哪些组合适合您。<p>