南安普敦大学实习,将论文数据传输到LabTrove和ChemSpider

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作者爱玲戴。

今年夏天,南安普敦大学和英国皇家化学学会以及ChemSpider联合开展了一些实习项目。新利手机客户端这些学生中有三个人一直在筛选过去的成员的论文理查德·惠特比的研究小组为了提取这种化合物,其中的光谱和反应数据(以及链接的实验室笔记,和存档光谱文件),并在实验室共享这些,ChemSpider,和CSSP。学生们,亚历克斯·哈特克,然而,李伟(Wai Lee)和乔什·惠特姆(Josh Whittam)(均为二年级本科生)——连同论文数据的方框,如下图所示,实验室笔记和光谱打印出来,他们数字化了。

南安普顿大学实习生

南安普顿大学实习生

他们将7篇论文数字化,A.Henderson,l说话的人,D。欧文,D.Macfarlane,F。朱,G。Saluste,J。Stec,这导致了1035个实验室页面被发布到惠特比集团的实验室博客

这些论文是化合物信息的丰富来源,包括化合物结构,的名字,性质和光谱,所有这些都被沉积到ChemSpider中,导致208新增复合页,和600年光谱

在本研究中,学生们手工将化合物信息存入实验室,然后将化合物和光谱存入ChemSpider。然而,我们目前正在开发一系列的ChemSpider jquery小部件,这些小部件可以集成到基于web的eln中,比如LabTrove,这将使我们更容易将ChemSpider的复合信息输入到实验中,同时将ELNs的化合物和反应数据发布到ChemSpider,CSSP和ChemSpider反应。这将继续从最初的概念验证检索ChemSpider信息并将其输入实验室页面。

考虑到这一长期目标,实习生存储化合物和反应数据的实验室页面是使用实验室模板构建的,这种结构将使发布小部件更容易理解数据并以正确的方式处理数据。通过这种方式,该项目在一定程度上是一个测试,以确保模板适合在LabTrove中存储复合数据。以及ChemSpider化合物和相关数据模板(对应帮助页面,还编写了模板以格式化的方式存储反应数据,因为这些论文主要集中在化合物的合成上。简单的,基本反应数据可以存储在实验室使用ChemSpider反应模板(和相应的帮助页面,最终,这种格式的文章将很容易发布到ChemSpider反应中。更详细的反应数据可以使用ChemSpider SyntheticPages风格的反应模板(和相应的帮助页面。最初的目的是将所有的反应数据存入ChemSpider SyntheticPages但很明显,除了进行反应的研究人员,其他人都很难做到这一点,或由他们的监督人员为CSSP提交文件提供所需的详细资料,尤其不能通过回顾性的摘要得出结论。作为一个结果,只有少数反应被提交给CSSP,大多数(超过500)储存在实验室中,以供将来提交给ChemSpider反应。

如果反应可以很容易地从ELNs发布到ChemSpider反应,并且其他研究人员及其应用程序在执行新反应时也可以很容易地查询这些反应,那么这将是朝着目标迈出的重要一步Dial-a-molecule(EPSRC大挑战网络)。需要捕获的反应数据的一个重要部分是反应中使用和产生的物质的化学计量表。然而,这些化学计量表太复杂,无法整合到实验室模板中,因此,LabTrove反应模板将与一个新的ChemSpider jquery小部件一起使用,该小部件目前正在与LabTrove集成(更多细节将在本博客中稍后介绍),后者将构造它们。小部件执行ChemSpider查找来检索复合信息,计算等价物,从而节省了研究人员计算所需反应物的量或得到的产物的收率的时间。一个最初使用ChemSpider反应模板然后,使用ChemSpider编辑化学计量表小部件向其中添加一个化学计量表作为补充在这里

如果您是LabTrove用户,希望使用ChemSpider模板,他们的来源可以通过上面的链接获得,并对Labtrove中使用模板的说明进行了文档化在这里

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